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1. CHIP-seq
??ChIP-Seq技術(shù)是研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的有力工具，利用該技術(shù)可以檢測轉錄因子與DNA的動(dòng)態(tài)調控作用，各種組蛋白修飾，染色質(zhì)調控因子等，轉錄因子與組蛋白修飾的ChIP-Seq示意圖如下：
??ChIP-Seq技術(shù)包括兩部分：建庫和測序，建庫和測序的質(zhì)量對于后續分析尤為關(guān)鍵，但是建庫前ChIP實(shí)驗的設計也同樣重要。從實(shí)驗的操作來(lái)講ChIP主要分為兩大類(lèi)，一類(lèi)是X-ChIP，一類(lèi)是N-ChIP。其中N-ChIP不涉及甲醛交聯(lián)，更適合那些和DNA有強相互作用的蛋白ChIP-seq實(shí)驗，主要就是組蛋白；而X-ChIP采用甲醛交聯(lián)就沒(méi)有這個(gè)限制，廣泛適用于轉錄因子, 組蛋白, 聚合酶等蛋白的結合片段測序。
實(shí)驗流程、建庫流程、分析流程：
1.1. Chip-seq可以告訴我們什么信息
chip-seq可以告訴我們一些什么信息？
基礎分析系列：
我們實(shí)驗處理后送樣測序的數據基本情況（測序下機數據質(zhì)量情況）
這些測序數據都分布在參考基因組的什么位置，以及比對結果如何（比對參考基因組情況）
這些reads的分布有哪些區域具有顯著(zhù)成峰(Peak)特征（CallPeak情況）
這些Peak區域可能影響到的基因是什么，這些Peak距離基因多遠，又位于什么區域（Peak附近的臨近基因注釋結果及可視化情況統計）
這些基因都普遍具有什么樣的功能（富集到什么通路上，臨近注釋基因集的富集結果）
這些Peak結合區域，都可能結合到一些什么樣的蛋白（motif預測情況）
高級分析系列：
差異Peak分析：可以尋找到兩組不同生物模型比較表觀(guān)水平的改變差異
Chip-seq與RNA-seq聯(lián)合分析：可以尋找一些表觀(guān)水平差異與基因轉錄水平改變的關(guān)聯(lián)性
超級增強子（SEs, Super-enhancers ）鑒定分析：可以找到影響轉錄水平異常增加的一系列表觀(guān)水平的相互作用區域
核心調控網(wǎng)絡(luò )（CRC, Core transcription regulatory circuitry ）分析：可以從SEs中通過(guò)調控網(wǎng)絡(luò )關(guān)系找到的核心影響轉錄因子
1.1.1. chip seq 報告解讀
我們的Chip-seq分析報告展示：
分析案例：
報告解讀：
1.1.2. Peak_Motif分析意義(homer)
homer_motif 分析能給到我們什么信息？