1.2. TF-Chip 與 Histone-Chip

1.2.1. TF Chip 研究的核心問(wèn)題

??是什么調控了我們的基因？ 轉錄因子調控了誰(shuí)？本質(zhì)是蛋白質(zhì)對DNA的調控。此處"DNA"包括能夠翻譯成蛋白質(zhì)的蛋白編碼基因、能夠轉錄成lncRNA/circRNA/miRNA的基因。

TF（Transcription factor，轉錄因子）：

目前，兩種高通量實(shí)驗和一種計算方法能夠解決這個(gè)調控的上游原因尋找問(wèn)題：

• Plan A：ChIP-seq，最直接，最有效

• Plan B：DNase-seq/ATAC-seq 或 RNA-seq，曲線(xiàn)救國； 與ChIP-seq整合分析更準確

• Plan C：基于motif預測

??由于ChIP-seq的直接與有效性，我們此處著(zhù)重介紹CHIP-seq方法：通過(guò)前期實(shí)驗與建庫測序得到原始下機數據，隨后將CHIP實(shí)驗交聯(lián)蛋白附近的DNA片段對比上基因組的顯著(zhù)富集區域通過(guò)callPeak方式找出來(lái)，并對其進(jìn)行一系列分析。

1.2.2. Histone chip 研究的核心問(wèn)題

Histone chip 的背景知識

• 組蛋白修飾(Histone Modifications)常見(jiàn)的類(lèi)型都有哪些？不同的修飾類(lèi)型的影響是什么？

  示例：

Histone chip 研究的核心是什么？

• 尋找組蛋白修飾對于我們基因調控的影響，尋找轉錄調控發(fā)生改變的根本原因。

Histone chip 整套流程可以告訴我們的什么信息？

• 基本內容同上，不同在于結果的意義：在基因組上哪些區域可能發(fā)生了組蛋白修飾。

• 1 . ChIP-seq
  • 1.1. ChIP-seq可以告訴我們什么信息
  • 1.2. TF-chip與Histonechip
  • 1.3. superenhancer的分析
  • 1.4. 高級分析
• 2 . RNA-seq
  • 2.1. RNA-seq能告訴我們一些什么信息
  • 2.2. mRNA建庫，分析
  • 2.3. ncRNA seq
  • 2.4. go與kegg的意義與David網(wǎng)站