2. RNA seq

2.1. RNA-seq能告訴我們一些什么信息？

??轉錄組是指特定組織或細胞在某個(gè)時(shí)間或某個(gè)狀態(tài)下轉錄出來(lái)的所有RNA的總和，主要包括mRNA和?編碼RNA。轉錄組測序是基于Illumina測序平臺，研究特定組織或細胞在某個(gè)時(shí)期轉錄出來(lái)的所有mRNA，是基因功能與結構研究的基礎，對理解生物體的:發(fā)育和疾病的發(fā)生具有重要作用。

??RNA測序(RNA-seq)在過(guò)去十年里逐漸成為全轉錄組水平分析表達和研究mRNA差異剪接必不可少的工具，應用于如單細胞基因表達、RNA翻譯(translatome)，RNA結構組(structurome)， RNA-RNA/RNA-Protein的相互作用、空間轉錄組學(xué)(spatialomics)等多種RNA層面的研究(R. Stark, Grzelak, and Hadfield 2019)。

??其中表達水平的探究是轉錄組領(lǐng)域最熱門(mén)和基礎的方向：利用轉錄組數據來(lái)識別轉錄本和表達定量，從而對造成細胞/組織/個(gè)體間不同狀態(tài)的差異的內部原因進(jìn)行診斷分析，挖掘關(guān)鍵基因。

在不同背景下比較mRNA水平：

• 同一物種，不同組織：研究基因在不同組織的表達情況，找到細胞組織特異性的基因；

• 同一物種，同一組織：研究基因在不同處理或條件下的表達變化，挖掘特異的功能基因，指導后續物種改良、疾病診斷等；

• 同一組織，不同物種：研究基因的進(jìn)化關(guān)系；

• 時(shí)間序列實(shí)驗：基因在不同時(shí)期的表達情況與其發(fā)育的關(guān)系，找到發(fā)育階段特異性的基因；

RNA-seq能告訴我們一些什么信息？

• 各個(gè)基因在不同生物模型的表達情況

• 不同生物模型之間的顯著(zhù)差異表達基因有些什么

• 這些顯著(zhù)差異表達基因都能富集到什么生物學(xué)功能上

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• 1 . ChIP-seq
  • 1.1. ChIP-seq可以告訴我們什么信息
  • 1.2. TF-chip與Histonechip
  • 1.3. superenhancer的分析
  • 1.4. 高級分析
• 2 . RNA-seq
  • 2.1. RNA-seq能告訴我們一些什么信息
  • 2.2. mRNA建庫，分析
  • 2.3. ncRNA seq
  • 2.4. go與kegg的意義與David網(wǎng)站