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轉錄因子是通過(guò)結合特異性DNA序列控制遺傳信息從DNA到信使RNA的轉錄速率的蛋白，轉錄一男子可通過(guò)修飾（甲基化、去甲基化、乙?；?、去乙?；刃揎棧┡c啟動(dòng)子進(jìn)行互作結合調控，產(chǎn)生促進(jìn)或是抑制的效果。
我們介紹幾種數據庫信息，通過(guò)數據庫查詢(xún)整理、數據庫功能及用途、示例結合分析、數據庫優(yōu)化等這四大項，進(jìn)行闡述和演示數據庫的查詢(xún)和使用，希望對您的實(shí)驗項目有所幫助
1. 數據庫查詢(xún)整理
①JASPAR: http://jaspar.genereg.net/
②PROMO: http://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3
③GeneCards：http://www.genecards.org/Guide/Search
④Genomatix：http://www.genomatix.de/
⑤Neural Network Promoter Prediction：http://fruitfly.org:9005/seq_tools/promoter.html
2. 數據庫功能及用途介紹：
①JASPAR：
The high-quality transcription factor binding profile database
數據庫功能：
The JASPAR CORE database contains a curated, non-redundant set of profiles, derived from published collections of experimentally defined transcription factor binding sites for eukaryotes. The prime difference to similar resources (TRANSFAC, etc) consist of the open data acess, non-redundancy and quality.
②PROMO：
A virtual laboratory for the study of transcription factor binding sites in DNA
數據庫功能：
Search for putative sites in your sequence
3. 示例結合分析：
3.1 JASPAR：以H19啟動(dòng)子和SP1轉錄因子預測信息為例
1. 打開(kāi)主頁(yè)面
2.點(diǎn)擊選擇研究的種屬
3.輸入對話(huà)框，查詢(xún)轉錄因子信息
4. 輸入H19的啟動(dòng)子信息，點(diǎn)擊SCAN，即可獲取
數據庫優(yōu)化：該款軟件，可預測已經(jīng)的啟動(dòng)子序列和已知的轉錄因子，查詢(xún)預測結合的序列信息，對于未知的轉錄因子，無(wú)法預測
3.2 PROMO：
以H19啟動(dòng)子和SP1轉錄因子預測信息為例
1. 打開(kāi)主頁(yè)面
2.點(diǎn)擊select species選擇研究的種屬
3.點(diǎn)擊select sfactors，選擇轉錄因子
4. 輸入H19的啟動(dòng)子信息，點(diǎn)擊view即可獲取轉錄因子與啟動(dòng)子的結合序列信息
數據庫優(yōu)化：該款軟件，可預測已經(jīng)的啟動(dòng)子序列和已知的轉錄因子，查詢(xún)預測結合的序列信息，對于未知的轉錄因子，無(wú)法預測