1.3.4 LncRNA與蛋白RNP結合預測

長(cháng)鏈非編碼RNAs（long non-coding RNAs，lncRNAs）在表觀(guān)遺傳、轉錄和轉錄后水平上調控基因表達中起著(zhù)重要作用，能夠通過(guò)多種機制，包括遺傳印記、染色質(zhì)重塑、剪切調控、mRNA降解和翻譯調控確定lncRNAs的功能，探索lncRNAs的主要工具包括微陣列、RNA測序（RNA-seq）、Northern blotting、實(shí)時(shí)定量逆轉錄聚合酶鏈式反應（qRT-PCR），熒光原位雜交（FISH）、RNA干擾（RNAi）、RNA-結合蛋白質(zhì)免疫沉淀（RIP）、通過(guò)RNA純化進(jìn)行染色質(zhì)分離（ChIRP）、交聯(lián)免疫沉淀（CLIP）和生物信息學(xué)預測等方法，LncRNA可與蛋白互作結合，調控基因的表達、轉錄、修飾等生物學(xué)過(guò)程

以下是我們對數據的整理，通過(guò)數據庫查詢(xún)分類(lèi)、數據庫功能及用途、示例結合分析、數據庫優(yōu)化等這四大項，進(jìn)行闡述和演示數據庫的查詢(xún)和使用，希望對您的實(shí)驗項目有所幫助

數據庫查詢(xún)分類(lèi)

RPISeq ：http://pridb.gdcb.iastate.edu/RPISeq/

數據庫功能及用途：

RPISeq

數據庫功能：

Submit a protein sequence and an RNA sequence to predict the interaction probability.

實(shí)例分析：以蛋白AGO2和LncRNA H19為例

Interaction probabilities

Prediction using RF classifier      0.55

Prediction using SVM classifier     0.54

兩者數值均>0.5,表示預測會(huì )相互結合

數據庫優(yōu)化：

該網(wǎng)站可預測已知的蛋白和已知的RNA序列，通過(guò)RF值和SVM值，來(lái)評估RNA與蛋白的結合概率

• 1 . 生物信息學(xué)概述
• 2 . 生物信息學(xué)相關(guān)數據庫
• 3 . 轉錄因子相關(guān)數據庫
• 4 . miRNA與mRNA結合預測
• 5 . LncRNA與miRNA結合預測
• 6 . LncRNA與蛋白RNP結合預測