廣州市黃埔區學(xué)大道攬月路廣州企業(yè)孵化器B座402
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miRNA是非編碼調控小分子，通過(guò)抑制基因表達發(fā)揮作用，前體pri-miRNA、pre-miRNA通過(guò)核內的drosa酶作用，由核孔復合體進(jìn)入至胞漿中，在通過(guò)Dicer酶的剪切，形成成熟的miRNA,AGO2可介導miRNA結合至mRNA的3’UTR，進(jìn)而對基因的表達進(jìn)行抑制，可在mRNA、蛋白水平發(fā)生降解作用
我們對數據的整理，通過(guò)數據庫查詢(xún)分類(lèi)、數據庫功能及用途、示例結合分析、數據庫優(yōu)化等這四大項，進(jìn)行闡述和演示數據庫的查詢(xún)和使用，希望對您的實(shí)驗項目有所幫助
數據庫查詢(xún)分類(lèi)
① microRNA.org：http://www.microrna.org/microrna/home.do
② TargetScan：http://www.targetscan.org/vert_70/
③ starbase: http://starbase.sysu.edu.cn/
④ Tarbase: http://www.tarbase.com/
⑤ deepBase： http://deepbase.sysu.edu.cn/
⑥ miRanda： http://www.microrna.org/microrna/home.do
⑦ RNAhybrid：https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/
⑧ CoGeMiR：http://cogemir.tigem.it/
數據庫功能及用途（常用數據庫）
1. microRNA.org：
Predicted microRNA targets & target downregulation scores. Experimentally observed expression patterns
數據庫功能：
1. mirSVR predicted target site scoring method: Comprehensive modeling of microRNA targets predicts functional non-conserved and non-canonical sites
2. microRNA target predictions: The microRNA.org resource: targets and expression.
3. miRanda application: Human MicroRNA targets.
4. miRanda algorithm: MicroRNA targets in Drosophila.
2. TargetScan：
Search for predicted microRNA targets in mammals
數據庫功能：
Search for predicted microRNA targets in mammals
3. starbase：
CLIP-Seq, Pan-Cancer. Portal, Visualize, Analyze, Discover.
數據庫功能：
1. starBase is designed for decoding Pan-Cancer and Interaction Networks of lncRNAs, miRNAs, competing endogenous RNAs(ceRNAs), RNA-binding proteins (RBPs) and mRNAs from large-scale CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP, iCLIP, CLASH) data and tumor samples (14 cancer types, >6000 samples).
2. starBase is also developed for deciphering Protein-RNA and miRNA-target interactions, such as protein-lncRNA, protein-sncRNA, protein-mRNA, protein-pseudogene, miRNA-lncRNA, miRNA-mRNA, miRNA-circRNA, miRNA-pseudogene, miRNA-sncRNA interactions and ceRNA networks from 108 CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP, iCLIP, CLASH) datasets.
3. starBase provides miRFunction and ceRNAFunction web tools to predict the function of ncRNAs (miRNAs, lncRNAs, pseduogenes) and protein-coding genes from the miRNA-mediated (ceRNA) regulatory networks
示例結合分析：
microRNA.org:
預測已知mRNA結合的miRNA:以H19為例
1. 打開(kāi)主頁(yè)面
2. 點(diǎn)擊“target mRNA”，對話(huà)框輸入h19，選擇種屬
3. 點(diǎn)擊“GO”，即可獲取得到預測結合的miRNA
已知miRNA,查詢(xún)該miRNA調控的mRNA:以mir-9為例
1. 打開(kāi)主頁(yè)面
2. 點(diǎn)擊“miRNA”，對話(huà)框輸入miR-9，選擇種屬
3. 點(diǎn)擊“go”，即可獲取miR-9調控的mRN
數據庫優(yōu)化：
microRNA.org是一款預測可以預測miRNA的靶標mRNA,以及引起靶標基因下調的得分值，以及miRNA的表達情況，也可以預測mRNA結合的miRNA，無(wú)法預測得到miRNA的調控網(wǎng)絡(luò )
2. starBase：以mir-9為例
①打開(kāi)主頁(yè)面
②點(diǎn)擊“miRNA-mRNA”，點(diǎn)擊（兩種查詢(xún)：miRNA-mRNA intersections、miRNA-mRNA interactions）
③這里我們演示miRNA-mRNA interactions的示例
數據庫優(yōu)化：
Starbase可查詢(xún)miRNA、LncRNA、mRNA相互調控和結合的預測，存儲了大量的互作網(wǎng)絡(luò )結合的miRNA,ceRNA的競爭結合，RNA蛋白結合等數據