CHIP 染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)

染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)（ChIP，Chromatin Immunoprecipitation Assay）通過(guò)與染色質(zhì)片段共沉淀和qPCR技術(shù)，在體內檢測與特異蛋白質(zhì)結合的DNA片段。ChIP技術(shù)最大的優(yōu)點(diǎn)就是在活體細胞狀態(tài)下研究了蛋白質(zhì)和目的基因結合狀況，減少了體外實(shí)驗的誤差。在活體細胞中，先對與調節蛋白結合的染色質(zhì)進(jìn)行分離，然后通過(guò)一定的方法（例如：超聲波）隨機剪切染色質(zhì)，用調節蛋白的抗體沉淀目的染色質(zhì)，再通過(guò)一定手段把目的染色質(zhì)上的蛋白質(zhì)去除掉，最后用qPCR等方法檢測鑒定共沉淀的DNA片段的特性。

CHIP實(shí)驗過(guò)程中我們設置一系列的質(zhì)控標準確保每一步實(shí)驗的真實(shí)有效，如WB檢測抗體和蛋白的表達，染色體斷裂效果以及最后產(chǎn)物Q-PCR檢測的跑膠圖。具體示例如下圖所示：

WB檢測相應抗體效果和轉錄因子在細胞核內表達。

細胞核抽提物被經(jīng)過(guò)超聲波打斷或核酸酶酶解后DNA電泳，表示基因組DNA被打斷成500bp左右的片段，方便后續的免疫共沉淀實(shí)驗。

ChIP-qPCR實(shí)驗后，體系內的DNA片段擴增物進(jìn)行DNA電泳，檢測qPCR擴增產(chǎn)物是否和設計相符，以及檢測是否有引物二聚體產(chǎn)生影響實(shí)驗。

CHIP實(shí)驗結果一般為產(chǎn)物的Q-PCR結果數據或者高通量測序數據，如圖為CHIP產(chǎn)物的Q-PCR結果數據。

未處理組（Mock）與處理組（Treat）轉錄因子1（TF1）分別與目的基因啟動(dòng)子調控區域A區域、B區域、C區域、D區域、E區域、F區域、G區域、H區域、I區域的結合情況比較。未處理組（Mock）：轉錄因子1（TF1）與目的基因啟動(dòng)子調控區域A、B、G、H有結合，但與D、E、I區域有不明顯的少量結合，且與C、F組不結合。處理組（Treat）：轉錄因子1(TF1)與目的基因啟動(dòng)子調控區域A、B、C、D、E、F、G、H、I均有結合，且與A、B、G、H區域的結合經(jīng)處理后明顯的大量提升，且原本不結合的C、F區域處理后有少量結合，對D、E、I區域的結合情況無(wú)明顯改變。

• 1 . 基因表達調控
  • 1.1. 表觀(guān)遺傳修飾調控
  • 1.2. 轉錄水平調控
  • 1.3. 轉錄后水平調控
• 2 . 基因表達調控實(shí)驗技術(shù)
  • 2.1. CHIP 染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)
  • 2.2. RIP RNA結合蛋白免疫沉淀技術(shù)
  • 2.3. CHIRP 免疫共沉淀實(shí)驗
  • 2.4. CLIP實(shí)驗技術(shù)
  • 2.5. RNA pull-down
  • 2.6. DNA pull-down
  • 2.7. RNA-RNA pull-down
  • 2.8. Luciferase 熒光素酶實(shí)驗
  • 2.9. DNA/RNA EMSA 凝膠電泳遷移實(shí)驗
  • 2.10. FISH 免疫熒光原位雜交技術(shù)
  • 2.11. ?核質(zhì)分離