RNA-RNA pull-down

RNA-RNA pull-down是檢測RNA與其靶RNA之間相互作用的主要實(shí)驗手段之一。RNA-RNA pull-down使用體外轉錄法標記生物素RNA探針，然后與胞漿提取液孵育，形成RNA-RNA復合物。該復合物可與鏈親和素標記的磁珠結合，從而與孵育液中的其他成分分離。復合物洗脫后，通過(guò)qRT-PCR實(shí)驗檢測特定的RNA是否與靶標RNA相互作用。

在RNA-RNA pull-down實(shí)驗過(guò)程中我們設置一系列的質(zhì)控標準以確保每一步實(shí)驗的真實(shí)有效，如探針體外轉錄模板擴增跑膠、RNA探針跑膠檢測、產(chǎn)物q-pcr跑膠圖。具體示例如下圖所示：

上圖為RNA探針跑膠圖，確保了探針的質(zhì)量和用量基本一致。

RNA-RNA pull-down產(chǎn)物Qpcr檢測后，體系內的RNA反轉錄片段擴增物進(jìn)行DNA電泳，檢測qPCR擴增產(chǎn)物是否和設計相符，以及檢測是否有引物二聚體產(chǎn)生影響實(shí)驗。

RNA-RNA pull-down實(shí)驗結果為RNA產(chǎn)物的測序或q-pcr結果，下圖為q-pcr結果示例：

RNA-RNA pull-down產(chǎn)物Qpcr檢測后，體系內的RNA反轉錄片段擴增物進(jìn)行DNA電泳，檢測qPCR擴增產(chǎn)物是否和設計相符，以及檢測是否有引物二聚體產(chǎn)生影響實(shí)驗。

RNA-RNA pull-down實(shí)驗結果為RNA產(chǎn)物的測序或q-pcr結果，下圖為q-pcr結果示例：

• 1 . 基因表達調控
  • 1.1. 表觀(guān)遺傳修飾調控
  • 1.2. 轉錄水平調控
  • 1.3. 轉錄后水平調控
• 2 . 基因表達調控實(shí)驗技術(shù)
  • 2.1. CHIP 染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)
  • 2.2. RIP RNA結合蛋白免疫沉淀技術(shù)
  • 2.3. CHIRP 免疫共沉淀實(shí)驗
  • 2.4. CLIP實(shí)驗技術(shù)
  • 2.5. RNA pull-down
  • 2.6. DNA pull-down
  • 2.7. RNA-RNA pull-down
  • 2.8. Luciferase 熒光素酶實(shí)驗
  • 2.9. DNA/RNA EMSA 凝膠電泳遷移實(shí)驗
  • 2.10. FISH 免疫熒光原位雜交技術(shù)
  • 2.11. ?核質(zhì)分離