RNA pull-down

RNA pull-down是檢測RNA結合蛋白與其靶RNA之間相互作用的主要實(shí)驗手段之一。RNA pull-down使用體外轉錄法標記生物素RNA探針，然后與胞漿蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白質(zhì)復合物。該復合物可與鏈親和素標記的磁珠結合，從而與孵育液中的其他成分分離。復合物洗脫后，通過(guò)Western Blot實(shí)驗檢測特定的RNA結合蛋白是否與RNA相互作用。

在RNA pull-down實(shí)驗過(guò)程中我們設置一系列的質(zhì)控標準以確保每一步實(shí)驗的真實(shí)有效，如RNA探針模板PCR擴增跑膠檢測、體外轉錄產(chǎn)物跑膠檢測、產(chǎn)物銀染圖。具體示例如下圖所示：

  RNA探針體外轉錄后消化DNA模板，然后跑膠檢測RNA探針質(zhì)量。

RNA pull-down產(chǎn)物通過(guò)跑膠銀染檢測實(shí)驗組與對照組是否含有差異條帶，以確保結果的可靠性。

RNA pull-down實(shí)驗結果一般為產(chǎn)物的WB驗證或MS分析數據，如圖為RNA pull-down產(chǎn)物的WB結果示例。

以反義鏈RNA探針為陰性對照，結果表明目的RNA與蛋白能夠特異性的結合。

• 1 . 基因表達調控
  • 1.1. 表觀(guān)遺傳修飾調控
  • 1.2. 轉錄水平調控
  • 1.3. 轉錄后水平調控
• 2 . 基因表達調控實(shí)驗技術(shù)
  • 2.1. CHIP 染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)
  • 2.2. RIP RNA結合蛋白免疫沉淀技術(shù)
  • 2.3. CHIRP 免疫共沉淀實(shí)驗
  • 2.4. CLIP實(shí)驗技術(shù)
  • 2.5. RNA pull-down
  • 2.6. DNA pull-down
  • 2.7. RNA-RNA pull-down
  • 2.8. Luciferase 熒光素酶實(shí)驗
  • 2.9. DNA/RNA EMSA 凝膠電泳遷移實(shí)驗
  • 2.10. FISH 免疫熒光原位雜交技術(shù)
  • 2.11. ?核質(zhì)分離